Schulisches Lernen und Lehren am Gymnasium, auch am Gymnasium Freyung hat sich verändert. Schülerinnen und Schüler werden nicht mehr nach denselben Methoden unterrichtet und Kriterien beurteilt wie früher. Unterricht und Leistungserwartungen sind an die Bedingungen des Jetzt angepasst. Formen der Differenzierung, im Extrem sogar der Individualisierung treten in den Vordergrund. Insbesondere das Erlernen einer Zweiten Fremdsprache wird am Gymnasium Freyung in der Hinsicht neu interpretiert, dass diese weniger als Selektionsinstrument, sondern als bereicherndes Element in der Entwicklung eines Kindes verstanden wird.

Schulisches Lernen und Lehren wird am Gymnasium Freyung nicht auf den Erwerb von Fachwissen eingeengt. Denn Lernen findet nicht nur statt, wenn man Texte übersetzt, Aufgaben rechnet, Aufsätze schreibt …. Deshalb bildet das Gymnasium Freyung neben der Sachkompetenz auch Methodenkompetenzen (wissen, wie man lernt), Selbstkompetenz (in Akzeptanz der eigenen Stärken und Schwächen Selbstvertrauen aufbauen) und Sozialkompetenz bzw. Teamfähigkeit (zusammen mit anderen etwas erarbeiten). Ein Leitprinzip am Gymnasiums Freyung ist es deshalb, zwar weiterhin die Sachkompetenz zu fördern, den Weg dorthin aber auf die verschiedenen Kompetenzbereiche, Aufnahmekapazitäten  und -kanäle der Schülerinnen und Schüler abzustimmen.

Schulisches Lernen und Lehren mündet in Prüfungen. Mit zunehmender Jahrgangstufe steigert sich die Zahl der zu absolvierenden Prüfungen nicht unerheblich, was Stress und Leistungsdruck hervorruft. Um diesen Druck auszugleichen, wird das Schuljahr am Gymnasium Freyung insbesondere am Ende der großen Lernblöcke vor Weihnachten und Ostern durch besondere Elemente rhythmisiert. Denn wie in der Musik sind beim Lernen und Lernen nicht nur Noten, sondern auch Pausen wichtig.

Schulisches Lernen und Lehren findet in Gruppen statt. Die Gruppengröße ist dabei nicht allein entscheidend, aber auch nicht unerheblich. Deshalb werden die finanziellen und personellen Ressourcen am Gymnasium Freyung so eingesetzt, dass in den Kernfächern, soweit wie möglich, kleine Gruppen gebildet werden.